排污权交易在我国已经有近20年的发展历史，由于多方面原因，整体进展缓慢，大体可以分成起步、摸索、深化三个阶段。
1988年-2000年为起步阶段。我国在上世纪八十年代末已经进行了排污交易实践。1987年，上海市闵行区开展了企业间水污染物排放指标有偿转让的实践。1988年3月20日，原国家环保局颁布并实施的《水污染物排放许可证管理暂行办法》中规定：“水污染排放总量控制指标，可以在本地区的排污单位间互相调剂”。1991年，上海、天津等16个城市进行了排放大气污染物许可证制度的试点。1994年，在包头、开远、柳州、太原、平顶山、贵阳6个城市开展了大气排污权交易的试点，取得了初步经验。“九五”期间，我国正式把污染物排放总量控制政策列为环境保护的考核目标，总量控制和排污许可证在全国范围内的推行，为今后开展排污权交易奠定了制度基础。2000年4月29日《大气污染防治法》通过，为国家污染控制战略真正实现由浓度控制向总量控制转变提供了法律保障。这一时期我国集中在大气污染物排污交易方面进行了初步试点尝试，为后续排污交易试点探索的不断深化打下了基础。
2001年-2006年为摸索阶段。“十五”期间，我国环保工作的重点全面转到污染物排放总量控制，2001年前后全国开展了不少试点项目，如亚洲开发银行在太原市开展的市域范围的二氧化硫排污交易试点项目、美国环保协会在南通开展的排污权交易项目等，在这些项目的推动下完成了多项排污权交易案例，积累了丰富的实践经验。2001年9月，江苏省南通市顺利实施中国首例排污权交易，交易双方为南通天生港发电有限公司与南京醋酸纤维有限公司，双方在2001年-2007年期间交易SO2 排污权1800吨。2002年，在山东、山西、江苏、河南、上海、天津、柳州7省市开展了二氧化硫排放总量控制及排污权交易试点。2003年，江苏太仓港环保发电有限公司与南京下关发电厂达成SO2排污权异地交易，开创了中国跨区域交易的先例。水污染物排污交易试点在该阶段也有所开展，2007年11月10日，国内第一个排污权交易中心在浙江嘉兴挂牌成立，标志着我国排污权交易逐步走向制度化、规范化、国际化。
2007年至今为深化阶段。随着国家环保战略思路从传统的行政管制手段到注重综合运用行政、法律以及市场手段转变，排污权交易在该阶段明显呈现出国家日益重视、地方自发积极探索、上下对接强化、探索交易模式多样、地方法规政策文件出台频率加大等特点。排污权市场交易机制正在形成。
据了解，浙江、江苏两省开展排污权交易较早，对于污染减排的促进作用已经显现。2011年6月，环保专家对嘉兴市南湖区11条河流的交接断面进行水质监测，发现劣五类水比两年前下降20%，部分河段开始出现四类水。当地环保部门负责人将之归功于用市场手段推动减排、保护环境带来的成效。南湖区3年前开始探索排污权交易制度，在控制排污总量的前提下，鼓励企业买卖排污权指标。排污权交易蕴藏的盈利空间，促使许多企业想方设法挖潜减排。排污权交易带来的压力，已转换成为不少企业投资环保的动力。
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